Po wymianie ognia z milicją, podczas której zginęło dwóch zamachowców i jeden milicjant, napastnicy opanowali budynek szkoły, biorąc około 1181 zakładników, z czego większość miała poniżej 18 lat. W momencie ataku, w powstałym zamieszaniu, około pięćdziesięcioro z nich uciekło.
Od początku istniały wątpliwości, ilu zakładników pozostało w środku. Rząd twierdził, że jest ich tylko niewiele ponad 350, inne źródła podawały liczby nawet do 1500. Z wnętrza budynku słychać było później strzały, według niektórych mające na celu zastraszenie rosyjskich sił specjalnych. Później ustalono, że pierwszego dnia napastnicy zabili dwudziestu dorosłych zakładników płci męskiej w szkolnym korytarzu. Ich ciała zostały później wyrzucone przez okno. Jeden z porywaczy zdetonował, prawdopodobnie przypadkiem, noszony pas z materiałami wybuchowymi – zabijając siebie, drugiego porywacza i trzech zakładników.
Szkoła została wkrótce otoczona kordonem milicji, Specnazu oraz OMON-u.