Napastnicy wkrótce przemieścili zakładników na salę gimnastyczną i zaminowali budynek (agencja ITAR-TASS doniosła, że materiały wybuchowe i część broni zostały tam wniesione jeszcze w czasie lipcowych prac remontowych przed rokiem szkolnym). Aby zapobiec dalszym próbom odbicia zakładników, zagrozili, że zabiją pięćdziesięciu z nich za każdego bojownika zabitego przez milicję oraz dwudziestu za każdego rannego. Rząd rosyjski zapowiedział, że na razie nie użyje siły do uwolnienia zakładników.
Na prośbę Rosji wieczorem 1 września zwołana została narada Rady Bezpieczeństwa ONZ, której uczestnicy zażądali natychmiastowego i bezwarunkowego zwolnienia wszystkich zakładników.
2 września 2 września 2004 negocjacje wskazanego przez terrorystów doktora Leonida Roszala nie odniosły skutku. Napastnicy nie pozwolili na przyniesienie wody, jedzenia i leków dla zakładników, ani na wyniesienie ze szkoły ciał zabitych. Warunki w szkole pogorszyły się.
Wieczorem dwadzieścia sześć kobiet i niemowląt zostało zwolnionych po negocjacjach z byłym prezydentem Inguszetii Rusłanem Auszewem. Około 15:30 w ciągu dziesięciu minut nastąpiły dwie eksplozje.