W ostatnich latach jego życia znacznie ograniczył się krąg nocnych klubów, gdzie zapraszano go na występy, z obawy przed procesami, które dotykały także właścicieli lokali. Prokuratura i arcybiskup Nowego Jorku postanowili doprowadzić do jego skazania. Policjanci w cywilu aresztowali go w kwietniu 1964 roku po występie w klubie nocnym Cafe au Go Go w Greenwich Village, a w listopadzie po głośnym procesie, mimo protestów m.in. Reinholda Niebuhra, Woody’ego Allena, Boba Dylana, Jamesa Baldwina, Saula Bellowa, Josepha Hellera, Lillian Hellman, Normana Mailera, Arthura Millera, Susan Sontag i Allena Ginsberga, skazano Bruce’a na 4 miesiące pobytu w więzieniu, gdzie jednak nigdy nie trafił z powodu apelacji, przed rozpatrzeniem której zmarł. Przyczyną śmierci było ostre zatrucie morfiną w wyniku przypadkowego przedawkowania. Znaleziono go martwego i nagiego na podłodze w łazience z igłą w ramieniu. Na wystającej z maszyny do pisania kartce widniało niedokończone zdanie: „spisek ingerujący w czwartą poprawkę konst...”.