Godefroit, Zan i Jin ograniczają się do poziomu podrodziny, zwracają jednak uwagę na bliskie pokrewieństwo nowo opisywanego rodzaju z parazaurolofem. Wydaje im się bliższy temu rodzajowi, niż jakikolwiek inny rodzaj dinozaura. Większa część analiz, idąc dalej, wyróżnia wśród lambeozaurynów dwa główne klady: jeden związany z parazaurolofem oraz drugi z hipakrozaurem i korytozaurem. Prieto-Márquez do tego pierwszego kladu zalicza prócz parazaurolofa właśnie charnozaura, a także Sahaliyania, cytuje też prace mówiące o kladzie złożonym z charonozaura i trzech gatunków parazaurolofa, Sahaliyania łącząc natomiast w klad z amurozaurem.
Autorzy opisu charonozaura przeprowadzili analizę filogenetyczną, w efekcie prezentując następujący kladogram:
thumb|Charonozaur nazwę swą czerpie od mitologicznego Charona, przewoźnika dusz Pomysł na nazwę rodzajową Godefroit, Zan i Jin zaczerpnęli z mitologii greckiej i rzymskiej. Odnosi się ona do Charona, syna Nocy, przewoźnika dusz przez największą z rzek piekielnych, Styks, wożącego je do krainy umarłych. Dalsza część nazwy bierze swój początek z greckiego słowa sauros oznaczającego jaszczura.