Kościół został ufundowany przez Mikołaja Krzysztofa Radziwiłła Sierotkę a prace związane z jego budową zostały podjęte w 1582 r., jeszcze przed ukończeniem kościoła Il Gesù; Kościół Jezuitów w Lublinie (obecnie katedra), budowany (1586–1604) według planów Giovanniego Marii Bernardoniego; Kolegiata Bożego Ciała w Jarosławiu (1591–1594), dzieło Giuseppe Brizio; Kościół św. Wojciecha i św. Stanisława Biskupa w Kaliszu, trójnawowa bazylika z emporami, dzieło Giovanniego Marii Bernardoniego (1592–1597); kościół św. Piotra i Pawła w Krakowie, rozpoczęty przez Józefa Britiusa (Giuseppe Brizio) w 1597 r., budowany przez Bernardoniego i ukończony w latach 1605–1619 przez Trevano, trójnawowy z trzema parami kaplic i kopułą nad skrzyżowaniem naw; Kościół św. Kazimierza w Wilnie zbudowany w latach 1604–1618 przez Pawła Bokszę na podstawie projektu Jana Frankiewicza. Jest to budowla o szerokich i wysokich nawach – środkowej i poprzecznej z kopułą osadzoną nad ich skrzyżowaniem. Kościół był kilkakrotnie przebudowywany. W połowie XVIII w. pracami przy odnowie kościoła kierował Jan Krzysztof Glaubitz. W tym czasie wieże otrzymały późnobarokowe hełmy (przebudowy koniec XIX w. obniżono wieże i zdjęto barokowe hełmy).