Dzisiejszy kształt kopuły, wzorowany na mitrze książęcej, został zaprojektowany przez Tomasza Żebrowskiego. Inne obiekty powstałe w pierwszej fazie baroku w Polsce to: Klasztor i kościół Matki Boskiej Anielskiej w Kalwarii Zebrzydowskiej proj. Bernardoni. Pierwsze sanktuarium tego typu w Polsce zbudowano na zlecenie Mikołaja Zebrzydowskiego w Kalwarii Zebrzydowskiej. Charakterystyczną formą budownictwa sakralnego okresu baroku były sanktuaria pozwalające wiernym na odbywanie zakrojonych na szerszą skalę procesji, zwłaszcza nabożeństwa Drogi Krzyżowej. Poszczególne jej stacje – kaplice lokalizowano wśród lasów, na większych, często pagórkowatych terenach. Rozpoczęte przez Bernardoniego dzieło kontynuował Paweł Baudarth, złotnik i architekt flamandzki. Wybudowany w latach 1603-1609 kościół, niewielki, jednonawowy kościół z kwadratowym prezbiterium dość szybko okazał się zbyt mały dla pomieszczenia przybywających na Kalwarię pielgrzymów. Podczas rozbudowy kościoła nawę zmieniono na prezbiterium a od strony wschodniej dobudowano nowy korpus.