St. Louis Blues (1991-1995) 25 lipca 1991 roku Shanahan podpisał kontrakt z St. Louis Blues. Ponieważ był wtedy ograniczonym wolnym agentem, zgodnie z ówczesnymi przepisami, New Jersey Devils należała się jakaś rekompensata. Z reguły, funkcję rekompensaty spełniały wybory w drafcie, lecz Blues byli już winni cztery wybory w pierwszych rundach Washington Capitals za podpisanie Scotta Stevensa rok wcześniej. Dlatego Blues zaproponowali Devils Curtisa Josepha, Roba Brind'Amoura i jeszcze dalsze dwa wybory w drafcie. Devils chcieli jednak od Blues Stevensa. Sprawa trafiła do arbitrażu, gdzie została podjęta decyzja, że 'Nutki' muszą za Shanahana oddać Stevensa.
Pierwszy rok w Blues wyglądał w przypadku Shanahana podobnie do wcześniejszych lat w Devils, lecz w sezonie 1992/93 nastąpił wybuch formy. W 71 meczach Shanny zdobył 51 bramek i dołożył jeszcze 43 asysty, co dało w sumie 94 punkty. Rok później poprawił wynik do 102 oczek i wystąpił w Meczu Gwiazd NHL. Po sezonie został też wybrany do Pierwszej Drużyny Gwiazd NHL. Podczas strajku ligi Shanahan grał w zespole Düsseldorfer EG w Deutsche Eishockey Liga, gdzie w trzech meczach zdobył trzy bramki i pięć asyst.