Mając na uwadze dalszy rozwój uczelni przystąpiono do dalszego rozwoju jej bazy lokalowej. W kadencji władz rektorskich 2004–2008 opracowano plan budowy nowoczesnej auli i siedmiokondygnacyjnego budynku dydaktycznego, mających pomieścić: 9 sal wykładowych, 15 seminaryjnych, nowoczesną bibliotekę wraz z czytelnią i bogato wyposażone laboratoria naukowo-badawcze. Działkę, na której miały się znaleźć nowe obiekty akademickie, która przylegała do terenu uczelni, przekazał prezydent Opola. W 2006 roku powstała kolejna jednostka organizacyjna PMWSZ – Instytut Fizjoterapii. Jego dyrektorem został dr Tomasz Halski. Nowy kierunek studiów, jakim była fizjoterapia, cieszył się sporą popularnością wśród absolwentów szkół średnich, biorących udział w rekrutacji w roku akademickim 2006/2007 i to pomimo faktu, iż ten sam kierunek można było w Opolu również studiować na Politechnice Opolskiej. W 2008 roku powstał Instytut Zdrowia Publicznego, którego szefostwo objął dr Zbigniew Kuzyszyn.