W Piwnicach ukończono budowę radioteleskopu RT3 o wysokości 15 m oraz rozpoczęto budowę drugiego, RT4.

Działalność UMK po 1989 roku Przemiany polityczne i społeczno-ekonomiczne w 1989 roku przyczyniły się do poszerzenia autonomii Uniwersytetu oraz zmiany zasad funkcjonowania. W latach 90. UMK miało dużą dynamikę rozwoju w różnych sferach działalności. W 1991 roku oddano do użytku gmach Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania, w listopadzie 1994 roku uruchomiono radioteleskop RT4, kupiono budynek hotelowy (który przekształcono w dom studencki), budynek dla Instytutu Pedagogiki i Katedry Logiki oraz klub „Prząśniczka” na rzecz Wydziału Sztuk Pięknych. Władze wojewódzkie oddały na rzecz UMK basztę Koci Łeb, gdzie ulokowano Instytut Filozofii. Rozpoczęto rozbudowę Biblioteki Uniwersyteckiej i budowę nowego gmachu Wydziału Prawa i Administracji. Pod koniec 2000 roku oddano do użytku budynek Wydziału Prawa i Administracji. W latach 90. uczelnię skomputeryzowano.