1 września 1993 roku Wydział Matematyki, Fizyki i Chemii podzielono na trzy nowe wydziały: Fizyki i Astronomii, Matematyki i Informatyki oraz Chemii. Z Wydziału Humanistycznego wydzielono Wydział Nauk Historycznych. 1 stycznia 1997 roku utworzono Centrum Astronomii, którego kierownikiem został prof. Aleksander Wolszczan. We wrześniu 1999 roku utworzono Wydział Filologiczny.
Po 2000 roku UMK otrzymało kilka nowych budynków: przy ul. Batorego, gdzie ulokowano Wydział Nauk o Polityce i Bezpieczeństwie, na obszarze zlikwidowanej Toruńskiej Przędzalni Czesankowej Merinotex, gdzie ulokowano Instytut Archeologii i Katedry Etnologii. W 2001 roku utworzono Krajowe Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej. W tym samym roku UMK wraz z Towarzystwem Naukowym w Toruniu i Urzędem Miasta Torunia rozpoczęło organizację Festiwalu Nauki i Sztuki. 1 października 2001 roku powołano do życia Wydział Teologiczny. 24 listopada 2004 roku doszło do fuzji z Akademią Medyczną im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy. Wydziały Akademii Medycznej utworzyły Collegium Medicum UMK. W 2006 roku oddano do użytku drugi budynek Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi.