Od 1875 r. pełnił funkcję c.k. konserwatora zabytków w Galicji Zachodniej. W 1888 r. przewodniczył I Zjazdowi Konserwatorów Galicyjskich w Krakowie, na którym powołano Grona Konserwatorów Zachodniej i Wschodniej Galicji. Łepkowski został pierwszym przewodniczącym Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej i pełnił tę funkcję do śmierci w 1894 r. W roku 1876 badacz został mianowany rządowym konserwatorem zabytków sztuki dla miasta Krakowa, przyczynił się tutaj do restauracji wielu zabytków, dzięki jego staraniom krypcie pod kościołem św. Michała na Skałce zostały pochowane prochy Długosza w 400. rocznicę śmierci wielkiego kronikarza.
W latach 1876–1883 Józef Łepkowski był dyrektorem Muzeum Książąt Czartoryskich w KrakowieMuzea w polskiej kulturze pamięci (do 1918 r.): wczesne instytucje muzealne wobec muzeologii cyfrowe.