Józef Łepkowski jako badacz, publicysta oraz konserwator zabytków na przestrzeni wielu lat nawiązał dużo bardzo ważnych znajomości dla rozwoju archeologii w Polsce. Był członkiem towarzystw naukowych w: Wilnie, Wiedniu, Królewcu, Norymberdze, Poznaniu, Berlinie, Dreźnie, Pradze, Wrocławiu i in. Jego publikacje dotykały najróżniejszych problemów, w swoich pracach zdołał poruszyć niemal wszystkie zagadnienia dotyczące dziejów i kultury Polski. Za pomocą swoich badań i licznych podróży przyswajał polskiej nauce wyniki badań prowadzonych w innych częściach Europy. Był to jeden z ostatnich przedstawicieli nauki o starożytnościach pojmowanej jako jedna całość. Jedną z jego największych zasług dla archeologii polskiej była jej popularyzacja na tle międzynarodowym oraz pośród młodych pasjonatów. W październiku 1893 Józef Łepkowski, ze względu na stan zdrowia złożył prośbę o zwolnienie go z obowiązków profesora Uniwersytetu i dyrektora Gabinetu Archeologicznego, a także z obowiązków konserwatoraMałgorzata Taborska "Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego – spadkobierca Gabinetu Archeologicznego Józefa Łepkowskiego". W kilka miesięcy później zmarł i został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie w grobowcu rodzinnym, w kwaterze ŁKarolina Grodziska-Ożóg, Cmentarz Rakowicki w Krakowie (1803-1939), wyd.