Spalono i zburzono synagogę, zburzono pomniki Kościuszki i Piłsudskiego, zamknięto polskie i żydowskie szkoły, kościół katolicki zamieniono na magazyn, wprowadzono niemieckie nazwy ulic i placów. Żydom i Polakom narzucono dyskryminujące ich przepisy, przymus pracy dla okupanta. Rozpoczęły się łapanki, egzekucje i wysiedlenia. 27 grudnia 1939 – przymusowo wysiedlono do Generalnego Gubernatorstwa aleksandrowskich Żydów, gdzie parę lat później prawie wszyscy zginęli w hitlerowskich obozach zagłady. Koniec trójnarodowego charakteru tego wyjątkowego miasteczka. 1943 – okupanci niemieccy przemianowali Aleksandrów na Wirkheim („dom tkaczy”). 18 stycznia 1945 – walki o miasto zakończone jego zdobyciem przez Armię Czerwoną. Koniec okupacji niemieckiej trwającej od 1939.
Okres po II wojnie światowej thumb|Aleksandrowski ratusz po remoncie 24 stycznia 1945 – Józef Janiak pierwszym powojennym burmistrzem Aleksandrowa. Początki „władzy ludowej” w mieście. 16 lutego 1945 – otwarto pierwszą polską szkołę średnią w mieście – Państwowe Koedukacyjne Gimnazjum. Obecnie to Liceum Ogólnokształcące im.