W XIII stuleciu kultura Majów zaczęła ulegać stopniowemu upadkowi, większość miast została wtedy opuszczona, a te, które pozostały toczyły ze sobą nieustające wojny.
Pierwszą ekspedycją hiszpańską, która przybyła na Jukatan była wyprawa Pedro de Valdivii, która wyruszyła z Panamy w 1511 r., zmierzając początkowo ku Santo Domingo, jednak ostatecznie okręty wchodzące w jej skład rozbiły się u brzegów Jukatanu. Dwóch rozbitków – Jerónimo de Aguilar i Gonzalo Guerrero dołączyło do żyjących tu plemion indiańskich. Guerrero poślubił córkę wodza Chetumala, dziecko z tego związku było pierwszym odnotowanym Metysem w Meksyku. Natomiast Aguilar został później odnaleziony przez ekspedycję Hernána Cortésa.
W 1513 r. Juan Ponce de León przepływał w pobliżu brzegów półwyspu w swojej wyprawie na Florydę, jednak nie zdecydował się tu wylądować. W 1517 r. Francisco Hernández de Córdoba przybył na tereny obecnego stanu Quintana Roo, ale został ostatecznie zmuszony do odpłynięcia przez Indian. Podbój samego regionu Jukatan został zapoczątkowany przez Francisco de Montejo y León w 1527 r., zakończył się on wówczas sromotną porażką ze względu na zaciekły opór Majów. Montejo wrócił tutaj trzy lata później, jednak znowu musiał się wycofać. Dopiero w 1537 r. udało się jego synowi wreszcie ujarzmić tubylców. De Montejo w 1540 r.