założył osadę pod nazwą Kimpech, a w 1542 r. powstało miasto Mérida. Gaspar Pacheco, znany ze swojego okrucieństwa w stosunku do Indian dokończył podbój zachodniego krańca półwyspu. Wraz z konkwistadorami przybyli także księża katoliccy oraz zakonnicy. Szczególną aktywność przejawiali wtedy franciszkanie, którzy wybudowali ponad trzydzieści misji w celu nawracania tubylców. Brutalne traktowanie Majów przez Hiszpanów oraz przywiezione przez nich choroby doprowadziły do ich zdziesiątkowania.
Majowie nigdy nie porzucili myśli o niezależności i wielokrotnie wzniecali powstania przeciwko swoim ciemięzcom. Jednym z największych zrywów tego typu było powstanie pod wodzą Jacinto Caneka w 1761 r., które zakończyło się śmiercią wielu tysięcy Indian i egzekucją Caneka w Meridzie.
Jukatan nie wziął aktywnego udziału w walkach o niepodległość Meksyku w 1810 r. Hiszpanie w czasie walk niepodległościowych kontrolowali region i zapobiegali wszelkim próbom buntu. W 1821 r. wraz z przyjęciem tzw. Planu z Iguali Jukatan stał się częścią niepodległego Meksyku, status stanu uzyskał formalnie w 1824 r., a w 1825 r. przyjął konstytucję stanową. W czasie walk pomiędzy stronnictwami liberałów i konserwatystów o władzę w kraju Jukatan również pozostawał niespokojnym regionem, którym targały liczne konflikty.