Były one związane głównie z tragicznym położeniem tutejszych Indian, którzy nie posiadali praktycznie żadnych praw.
W Jukatanie od samego początku istniały silne tendencje separatystyczne. W 1840 r. lokalny Kongres ogłosił deklarację niepodległości stanu. Jednak ostatecznie zawarta została ugoda pomiędzy rządem federalnym a rebeliantami, którzy zgodzili się na pozostanie w Unii. Stan ten nie trwał jednak długo, co było spowodowane nieprzestrzeganiem porozumienia przez rząd centralny. Taka postawa władz zaowocowała powstaniem Republiki Jukatanu. Rządzący wówczas Meksykiem gen. Antonio Lopez de Santa Anna nakazał nałożenie blokady morskiej na porty Jukatanu. Wysłał również ekspedycję karną na półwysep, która po odniesionych klęskach musiała się wycofać z powrotem. Jednak przedłużająca się blokada morska zmusiła wkrótce władze Republiki Jukatanu do rezygnacji z niepodległości i powrotu do federacji w grudniu 1843 r. Kolejny raz Jukatan na krótko ogłosił swoją suwerenność w czasie wojny amerykańsko-meksykańskiej, kiedy to ogłosił swoją neutralność w tym konflikcie.