W 1847 r. wybuchła tzw. wojna kast (hiszp. Guerra de Castas). Było to powstanie Majów wymierzone przeciwko „białej ludności”. W 1848 r. powstańcy niemal całkowicie wyparli z półwyspu całą nieindiańską ludność, której obecność ograniczała się jedynie do umocnionych miast, takich jak Merida czy Campeche. Po zakończeniu wojny amerykańsko-meksykańskiej lokalne władze zgodziły się z powrotem na uznanie zwierzchności Meksyku w zamian za pomoc w stłumieniu buntu Majów. Wówczas Jukatan ostatecznie przyłączył się federacji, co formalnie miało miejsce 17 sierpnia 1848 r. Natomiast Majowie stawiali opór wojskom federalnym niemal przez całą druga połowę XIX w. Ich nieliczne i izolowane grupy odmawiały uznania zwierzchności rządu aż do 1910 r.
W 1931 r. od Jukatanu odłączona została część terytorium (wcześniej w 1857 r. wydzielono z Jukatanu stan Campeche), z której utworzono nowy stan o nazwie Quintana Roo. Kolejne powstanie Indian w 1937 r. zmusiło prezydenta Lázaro Cárdenasa do przyspieszenia reformy ziemskiej i przydzielenia większego areału ziemi chłopom. W latach 50. i 60. XX w. dzięki poprawie infrastruktury drogowej i kolejowej udało się zakończyć odwieczną „izolację” tego regionu.