Pożar miał miejsce tuż po uzyskaniu w Rzymie przez ordynariusza diecezji, biskupa Jerzego Ablewicza, zezwolenia na koronację łaskami słynącej figury Matki Bożej Lipińskiej na prawie papieskim. Żywotność kultu maryjnego od początku XVII w. w Lipinkach i okolicznych miejscowościach sprawiła, że biskup polecił wykonać wierną kopię zniszczonej figury. Po zrekonstruowaniu figury i odbudowie kościoła rozpoczęto przygotowania do koronacji, jako że dekret Kapituły bazyliki św. Piotra w Rzymie zezwalający na koronacje figury wydany był już 13 lipca 1969 r., a jego realizacji przeszkodził pożar kościoła. Termin koronacji wyznaczono na 17 sierpnia 1980 r. Aktu koronacji papieskimi koronami dokonał biskup ordynariusz tarnowski wraz z trzema biskupami pomocniczymi. W uroczystości wzięło udział 22 biskupów, około 800 księży, około 400 sióstr zakonnych i tysiące wiernych.
W 1998 poświęcono plac pod budowę nowego kościoła, czwartego z kolei. Jego konsekracja miała miejsce 15 sierpnia 2005 roku w święto Wniebowzięcia NMP. Tego samego dnia, do nowej świątyni przeniesiono figurę Matki Bożej Lipinskiej. Świątynia została wybudowana jako wotum wdzięczności dla Matki Boskiej Lipińskiej z okazji srebrnego jubileuszu koronacji i opieki od ponad 500 lat. Konsekracji dokonał ks. bp.