W tym czasie spotykała się z Einsteinem i zaszła w ciążę.
Małżeństwo i rozwód Nie będąc w związku małżeńskim, w 1902 roku w Nowym Sadzie urodziła córkę Lise i jako 27-letnia samotna matka z nieukończonymi studiami czuła się źródłem trosk dla swojej rodziny. Gdy Einstein dostał pracę w Bernie, dołączyła do niego bez dziecka i na początku 1903 roku zawarli związek małżeński. Nie jest jasne, co stało się z ich córką: została oddana do adopcji lub zachorowała na szkarlatynę i zmarła. Marić próbowała poradzić sobie z brakiem dziecka i nieukończonymi studiami. Związek rozwijał się dobrze, Einstein otrzymał podwyżkę, urodził się im syn Hans Albert Einstein. W 1909 roku Einstein został profesorem nadzwyczajnym na Uniwersytecie w Zurychu, gdy korespondował ze swoją dawną sympatią i jego stosunki z żoną uległy pogorszeniu. W 1910 roku urodził się im syn Eduard Einstein, w 1911 roku rodzina przeniosła się do Pragi, gdzie Einstein został profesorem zwyczajnym. W 1912 roku Einstein ponownie podjął pracę w Zurychu, Marić uważała, że powrót do Szwajcarii poprawi życie rodzinne. Po powrocie Einstein znalazł sobie kochankę, którą była jego kuzynka Elsa Einstein. Poważny kryzys nastąpił, gdy Einstein dzięki wsparciu Maxa Plancka przyjął posadę stałego członka Pruskiej Akademii Nauk i profesora na Uniwersytecie w Berlinie.