Prasa pisała, że wypadek mógł nie być przypadkowyJ. Brzuskiewicz, W. Czuchnowski, Tajemnica śmierci Marka Karpia, Gazeta Wyborcza, 2004-10-01.. Według śledztwa dziennikarskiego przeprowadzonego w 2006 przez Leszka Szymowskiego, niektóre okoliczności śmierci Marka Karpia nie zostały do końca wyjaśnione. Hipoteza dziennikarza wiąże jego tajemniczą śmierć z możliwością odkrycia przez Marka Karpia tajnego ośrodka GRU na Białorusi, gdzie polscy prokuratorzy i członkowie tzw. mafii paliwowej mieliby spotykać się z przedstawicielami rosyjskich służb specjalnych. Opinia ta jest kwestionowana przez pracowników OSW. Według Darczewskiej: Śledztwo prokuratorskie było wnikliwe, przesłuchano pracowników Ośrodka. Nie wykazało celowego działania zewnętrznego czynnika.

Marek Karp został pochowany 21 września 2004 w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A29-tuje-2).