W końcu musiał zrezygnować ze swego stanowiska, co związane było z licznymi intrygami wokół jego osoby. Poza tym podkreślano, że pełni podwójną rolę: z jednej strony – członka Kolegium Kardynalskiego, a z drugiej – przedstawiciela dworu panującego. Ostatecznie w 1728 roku rozczarowany powrócił na Węgry.
Po śmierci swojej matki w 1723 roku przejął część dóbr w hrabstwie kłodzkim – tzw. klucz stroński.
Biskup Vác Natychmiast po nominacji na , Michael Friedrich prowadził odbudowę swojej diecezji, która znacznie ucierpiała podczas okupacji tureckiej. Zarządził, by spisywano na nowo księgi wieczyste oraz prowadził wizytacje kanoniczne parafii na obszarze biskupstwa. Na wyludnione obszary sprowadzał nowych osadników katolickich, głównie z niemieckiego obszaru językowego.
Po swoim powrocie z Neapolu w 1728 roku, Althann poświęcił się całkowicie sprawom diecezji. Dysponując skromnymi środkami, zbudował rezydencję biskupią, seminarium duchowne i założył szpital w Vác. Zmarł w 1734 roku w wieku 52 lat. Został pochowany w miejscowej katedrze. Jego bratanek (1702–1756) został jego następcą na urzędzie biskupim.