Mieszczanie też mieli do niego pretensję o próby ograniczenia autonomii magistratów i urzędników sądowych, walkę z korupcją i poprawę systemu sądownictwa. Nie podobała się też w Neapolu polityka propapieska.

W 1723 roku Althann zezwolił na druk dwóch postępowych prac: Istoria civile del regno di Napoli autorstwa prawnika i antyklerykała Pietra Giannone (1676–1748), sprzeciwiającego się wpływowi papiestwa na wewnętrzne sprawy Królestwa Neapolu, i Discussioni istoriche theologice e filosofice (1667–1750), wywołując gwałtowną reakcję konserwatywnego duchowieństwa neapolitańskiego, zwłaszcza jezuitów przemawiających w dniu św. Januarego (San Gennaro), kiedy to tradycyjnie dokonywał się w 2 ampułkach przechowywanych w specjalnym relikwiarzu cud rozpuszczenia i wzburzenia zakrzepłej krwi patrona miasta.

W 1728 roku kardynał starał się uporządkować chaos w systemie neapolitańskiego sądownictwa (wielorakie sądy, których kompetencje nieustannie się krzyżowały); reformy nie doprowadził jednak do końca. Przed zakończeniem urzędowania udało mu się jeszcze zrównoważyć budżet.