Tymczasem Stuart spod Waszyngtonu skierował się w stronę Baltimore, a następnie dotarł do Westminster, szukając korpusu Ewella, z którym miał utrzymywać kontakt. Kawaleria federalna zepchnęła go na Hanover, a potem na York. Stamtąd ruszył na Carlisle, gdzie znalazł go goniec wysłany przez Lee. Stuart pośpieszył pod Gettysburg, lecz dotarł tam dopiero w nocy 2 lipca. Dowódca Armii Północnej Wirginii powitał go krótko: A więc, generale Stuart, jest pan tu nareszcie. Następnego dnia, wraz z 4 brygadami usiłował (w tym samym czasie, gdy piechota przygotowywała się do ataku na centrum wojsk Unii) wyjść na tyły Armii Potomaku, lecz został odparty przez kawalerię generałów Davida McM. Gregga i George’a A. Custera.
Ostatnie walki thumb|250px|Kapelusz, rękawice, rewolwer LeMat oraz szabla generała W dwa miesiące po bitwie gettysburskiej (9 września), w związku z reorganizacją armii, Stuart otrzymał dowództwo Korpusu Kawalerii. Nie został jednak awansowany do stopnia generała porucznika (tak stopień nosili inni dowódcy korpusów), co bywa interpretowane jako wyraz nagany za jego wcześniejsze działanie. Wiosną następnego roku Stuart walczył z nacierającymi na Richmond wojskami federalnymi pod dowództwem generała Granta. Znakomicie radził sobie podczas wstępnych walk poprzedzających bitwy w Wilderness i pod Spotsylvanią.