Podobnie jak w poprzednim sezonie w meczu o trzecie miejsce rywalem była drużyna Naprzodu Janów. Rywalizację 2:1 wygrali Janowianie (4:6, 11:3, 4:2).
Koniec lat 80. i początek 90. nie był tak udany dla klubu jak poprzednia dekada. W sezonie 1987/1988 drużyna zajęła czwarte miejsce w tabeli rundy zasadniczej. W play-offach dotarła do półfinału, gdzie przegrała z późniejszym mistrzem Polski Polonią Bytom w stosunku 2:1 (4:6, 5:2, 10:1). W rywalizacji o brązowe medale Zagłębie wygrało z Naprzodem Janów 2:1 (2:3, 5:2, 3:2), rewanżując się drużynie z Janowa za poprzednie dwie porażki. W następnym sezonie 1988/1989 drużyna uplasowała się na szóstym miejscu po rundzie zasadniczej i awansowała do grupy silniejszej, gdzie również zajęła szóste miejsce. W ćwierćfinale play-off zmierzyła się z Podhalem. Zespół przegrał oba mecze w stosunku 2:1 i 6:2 i ostatecznie zajął piąte miejsce po zwycięstwie nad GKS Tychy 2:1 (5:3, 1:5, 5:2). Dzięki 27 golom tytuł króla strzelców zdobył napastnik Piotr Zdunek.