Lata 90. W sezonie 1989/1990 klub dobrze radził sobie w lidze. Po rundzie zasadniczej zajmował trzecie miejsce w tabeli i awansował do grupy silniejszej, gdzie zajął drugie miejsce. Po pokonaniu Cracovii w ćwierćfinale play-off, drużyna trafiła na Podhale Nowy Targ. Rywale dwukrotnie okazali się lepsi wygrywając 3:2 i 5:2. W meczu o 3 miejsce Zagłębie pokonało 7:3 Naprzód Janów i wywalczyło brązowe medale. W okresie zmian ustrojowych w kraju po 1989 roku z finansowania klubu wycofał się główny sponsor KWK Sosnowiec. Trudna sytuacja finansowa klubu miała duży wpływ na poziom sportowy drużyny. W sezonie 1990/1991 drużyna zajęła przedostatnie, dziewiąte miejsce w tabeli rundy zasadniczej i trafiła do grupy słabszej. Zajęła w niej trzecie miejsce i musiała grać baraż o utrzymanie w lidze z ŁKSem Łódź. Rywalizację 2:1 (5:2, 2:8, 10:7) wygrali hokeiści Zagłębia i utrzymali się w lidze. Następny sezon 1991/1992 był ostatnim w najwyższej klasie rozgrywkowej. Po odejściu najlepszych zawodników drużyna przegrała wszystkie 18 meczów rundy zasadniczej. Działacze klubowi po październikowym meczu z Naprzodem Janów podjęli decyzję o wycofaniu drużyny z rozgrywek. Zaistniała wówczas możliwość, aby zawodnicy Zagłębia zasilili drużynę MOSiR Sosnowiec w II lidze 1991/1992, jednak także i ten zespół nie ukończył rozgrywek.