Od 1725 roku Twierdza Christiansø stanowiła ciężkie więzienie. Ponieważ ucieczkę stąd traktowano jako rzecz zupełnie niemożliwą, nadano jej przydomek „Duńskiej Diabelskiej Wyspy”. Zesłańców, którzy otrzymali wyrok dożywotnich ciężkich robót, nazywano „niewolnikami” lub „żelaznymi więźniami”. Pracowali oni w miejscowym kamieniołomie, wydobywając granit, którym remontowano twierdzę. Ostatni „żelazny więzień” zmarł w 1782 roku po czterdziestoletnim pobycie na wyspie.
W 1805 zbudowano Store Tårn (Duża Wieża) na wyspie Christiansø – pierwszą w Danii zwierciadłową latarnię morską.
Podczas wojen napoleońskich Dania stanęła po stronie Napoleona Bonaparte. Brytyjska Royal Navy zniszczyła większość duńskiej floty podczas ataku na Kopenhagę. Wówczas Duńczycy przyjęli metodę walki korsarskiej. Jedną z baz piratów stała się twierdza Christiansø. 24 października 1808 brytyjska eskadra złożona z 6 okrętów, podpłynęła od strony Østerskær i rozpoczęła ponad pięciogodzinny ostrzał twierdzy. Bombardowanie zniszczyło wiele budynków oraz zabiło 5, a raniło 10 duńskich żołnierzy. Mimo to, gdy Brytyjczycy zbliżyli się do archipelagu, chcąc wysadzić desant, załoga twierdzy ostrzelała ich z dział, co uniemożliwiło lądowanie.