Prezydentura Z uwagi na znikomą różnicę głosów w zwycięskich dla siebie wyborach, nowy prezydent postanowił pozostawić kojarzonych z obozem republikańskim: Johna Edgara Hoovera na stanowisku szefa FBI i Allena Dullesa na stanowisku szefa CIA. Do swojego gabinetu powołał też dwóch innych polityków republikańskich – Roberta McNamarę mianował sekretarzem obrony, a Douglasa Dillona – sekretarzem skarbu. Prokuratorem generalnym został brat prezydenta, Robert Kennedy, a sekretarzem stanu – Dean Rusk. Aby uspokoić konserwatywne skrzydło demokratów, mianował południowca, Luthera Hodgesa sekretarzem handlu i odłożył w czasie reformę praw obywatelskich.
Nie chcąc pozbawiać się szans na reelekcję w 1964 roku, nie chciał występować z inicjatywą ustawodawczą o desegregacji rasowej. Wykonywał jednak pewne gesty w kierunku ludności czarnoskórej: mianował Afroamerykanów na różne stanowiska, popierał rejestrację czarnych wyborców, a także zapewnił ochronę federalną Martinowi Lutherowi Kingowi w czasie protestów w Alabamie w maju 1961 roku.