Zorganizował także eskortę federalną afroamerykańskim studentom, chcącym podjąć naukę na Uniwersytecie Mississippi (1962) a także umożliwił podjęcie nauki dwójce uczniów na Uniwersytecie Alabamy, których przyjęcie osobiście blokował gubernator Alabamy George Wallace (1963) – mimo to ustawę zakazującą dyskryminacji rasowej podpisał dopiero 2 lata po objęciu prezydentury. Kongres uchwalił nowe prawo w 1964 roku, już po śmierci Kennedy’ego.
Największą aktywność prezydent wykazywał w dziedzinie polityki zagranicznej. Wśród biografów panują spory, czy Kennedy był zwolennikiem polityki dialogu ze Związkiem Radzieckim, czy też popierał ostrą doktrynę antykomunistyczną. Jego działania wskazują na balansowanie wokół obu idei, czego skrajnymi przykładami mogą być próba polepszenia relacji z państwami socjalistycznymi i blokada Kuby. Osobiste zaangażowanie w sprawy międzynarodowe sprawiły, że w Stanach Zjednoczonych uważano, że Kennedy jest nie tylko prezydentem, ale też sekretarzem stanu. W zakresie polityki wojskowej był zwolennikiem doktryny „elastycznego reagowania”.