Z czasem sekcja stała się dumą klubu, wygrywając w sezonie 1989/1990 swoją grupę klasy międzywojewódzkiej (III ligi), a rok później wywalczając awans do II ligi i stając się tym samym pierwszą w historii miasta drużyną, występującą w rozgrywkach ligowych szczebla centralnego.
Powstanie po rozłamie Przemiany polityczno-społeczno-gospodarcze w Polsce po 1989 doprowadziły do stopniowego zmieniania struktury organizacyjnej rodzimych klubów sportowych. Już w 1990 - z inicjatywy Jerzego Rudnickiego - zawiązano w Międzyrzeczu Stowarzyszenie "Volleyball", które wzięło na siebie ciężar współfinansowania męskiej sekcji siatkarskiej MLKS Orzeł, chroniąc ją tym samym przed kolejną likwidacją. Do faktycznego wydzielenia tej sekcji z MLKS Orzeł (i jednoczesnej fuzji z Międzyszkolnym Klubem Siatkarskim Piast Międzyrzecz) doszło 19 grudnia 1994. Tego dnia odbyło się zgromadzenie założycielskie nowego klubu (jednosekcyjnego), podczas którego przyjęto jego statut, wybierając jednocześnie władze z Romanem Turowskim, jako Prezesem Zarządu. 19 stycznia 1995 podmiot ów został zarejestrowany w gorzowskim Urzędzie Wojewódzkim. W listopadzie 1997 MKS Orzeł rozpoczął - trwającą do dziś - współpracę z IWF w Gorzowie Wlkp. (oddziałem poznańskiej AWF). Zmianie uległa, więc nazwa klubu.