Do kolejnej doszło trzy lata później (21 grudnia 2000) - po podpisaniu umowy z firmą gazowniczą Media Odra Warta Sp. z o.o. na współfinansowanie (obowiązywała ona do 31 grudnia 2007). W sezonie 2003/2004 drużyna prowadzona przez Nikołaja Mariaskina triumfowała w swojej grupie II ligi (2 miejsce w końcowej tabeli po fazie zasadniczej, a następnie zwycięska tura play-off po 3:0 w półfinale nad Morzem Bałtyk Szczecin oraz 3:0 w finale nad Politechniką Poznań) i uzyskała historyczny awans na zaplecze PLS. Pierwszy sezon w tej klasie rozgrywkowej przyniósł niespodziewany sukces w postaci 5 miejsca, choć zespołowi postawiono wyłącznie zadanie utrzymania się. Sztuka ta nie powiodła się rok później i po zajęciu przedostatniego miejsca nastąpił spadek szczebel niżej. Banicja w II lidze trwała zaledwie sezon, bowiem po nie najlepszej fazie zasadniczej (4 miejsce), nastąpiło przebudzenie w play-offach (3:0 nad AZS UZ Zielona Góra, 3:1 w półfinale nad Olimpią Sulęcin i 3:1 w finale nad GTS Gdańsk). Dało ono awans do barażów, w których międzyrzeczanie ograli 3:2 MKS MOS Będzin, uzyskując ponowną promocję do I ligi.