Grupa zapalonych działaczy i piłkarzy jeszcze z czasów „Bugu” sprawiła jednak, że już po dwóch latach udało się wskrzesić w Wyszkowie rozgrywki na platformie rozgrywek ligowych. Kontynuator starych tradycji, niestety ze względów formalno-prawnych zmuszony był przyjąć nową nazwę Nadbużańskiego Towarzystwa Piłkarskiego. Stary-nowy klub w błyskawicznym tempie awansował od C-Klasy do Ligi Okręgowej. Sezon 2003/2004 przyniósł nawet awans do V ligi, w której przygoda trwała tylko dwa lata.
Nadbużańskie Towarzystwo Piłkarskie w Wyszkowie (tak brzmiała poprzednia nazwa klubu) zostało zarejestrowane w Sądzie Okręgowym w Ostrołęce w styczniu 2000 roku i od tego czasu zajmuje się szkoleniem grup młodzieży i seniorów w sekcji piłki nożnej. NTP Wyszków było od sezonu 2001/2002 kontynuatorem tradycji dawnego MZKS „Bug Wyszków”, klubu założonego w 1922 r., a rozwiązanego z powodu bankructwa w 1999 roku.
28 lipca 2007 r. wybrany został nowy Zarząd klubu, który za cel postawił sobie m.in. przywrócenie dawnej, historycznej nazwy „Bug Wyszków”, jak również, w perspektywie, awans do III ligi. 5 listopada 2007 r., Krajowy Rejestr Sądowy w Ostrołęce wydał ostateczną decyzję, zezwalającą oficjalnie na powrót do historycznej nazwy „Bug” Wyszków.