Od momentu reaktywacji klubu, w sezonie 2001/2002, NTP Wyszków rozpoczęło rywalizację od A-Klasy. W związku z zasługami, które klub miał dla rozwoju i popularyzacji piłkarstwa w województwie mazowieckim, Mazowiecki Związek Piłki Nożnej zezwolił spadkobiercy Bugu rywalizację rozpocząć nie od najniższej klasy rozrywkowej- czyli wówczas C-Klasy, a dwie klasy wyżej. NTP potrzebowało dwóch sezonów aby przebić się szczebel wyżej, do ligi okręgowej. Kolejny awans, to dwuletnie występy w V lidze, zwanej wówczas Mazowiecką Ligą Seniorów. Po dwóch sezonach NTP spadło z powrotem do „Okręgówki”, aby zagościć w niej na kolejne trzy lata. Wspaniały sezon 2008/2009, w którym już Bug, a nie NTP, w 30 meczach stracił tylko 8 punktów został zwieńczony powrotem do V ligi, choć wówczas, jak i do dziś nazywana jest czwartą. I taki stan rzeczy trwał przez dziewięć kolejnych sezonów. Wyszkowianie co rok byli w czołówce ligi, trzy razy byli bardzo blisko wywalenia awansu. Za każdym razem ligę wygrywała jednak któraś z zasłużonych stołecznych ekip. Czy to GKP Targówek, czy Hutnik, a w końcu reaktywowana po spadku z Ekstraklasy Polonia Warszawa. W sezonie 2017/2018 – najgorszym pod względem sportowym od momentu reaktywacji klubu. Bug, po przegranym barażu o utrzymanie, ponownie został zdegradowany do „okręgówki”.