Centrum Badań Podstawowych i Translacyjnych Centrum BRAINCITY Centrum Neurobiologii oraz Stacji Badawczej Instytutu Nenckiego w Mikołajkachhttps://biopixel.eu/stacja/ - Krajowego Centrum Zaawansowanych Analiz Bioobrazowania – BioPixel.
Instytut dysponuje laboratoriami i stanowiskami usługowymi, m.in., do wysokorozdzielczej mikroskopii świetlnej i konfokalnej, mikroskopii elektronowej, rezonansu magnetycznego, wysokoprzepustowej cytometrii przepływowej, sekwencjonowania nowej generacji, elektrofizjologii oraz testów behawioralnych. W Instytucie prowadzone są również badania przedkliniczne.
Projekty badawcze realizowane w Instytucie są finansowane m.in. ze środków krajowych, w tym Narodowego Centrum Badań i Rozwoju, Narodowego Centrum Nauki, Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Narodowej Agencji Wymiany Akademickiej oraz Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, oraz zagranicznych, w tym Komisji Europejskiej (m.in. ERC) i programów międzynarodowych. Instytut znajduje się zarówno na polskiej, jak i europejskiej mapie strategicznej infrastruktury badawczej oraz pełni rolę lidera Polskiego Węzła Euro-BioImaging (The European Research Infrastructure for Imaging Technologies in Biological and Biomedical Sciences - ERIC)https://amf.nencki.edu.pl/euro-bioimaging.