Profil działalności Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN obejmuje badania o charakterze aplikacyjnym. Instytut współpracuje z podmiotami przemysłowymi w sektorach: farmaceutycznym, biomedycznym i biotechnologicznym. W ramach przedsięwzięcia SPARK Poland , którego liderem jest Instytut Nenckiego PAN, promowany jest transfer wiedzy do przemysłu. Instytut Nenckiego jest założycielem i członkiem powstałego w 2008 r. Konsorcjum Biocentrum Ochota PAN, do którego należą także: Instytut Biochemii i Biofizyki, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego, Instytut Podstawowych Problemów Techniki, Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej im. M. Nałęcza oraz Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej.
W wyniku zmian strukturalnych i decyzji organizacyjnych Stacja Hydrobiologiczna w Mikołajkach, utworzona 15 września 1951 r. przez Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN i pozostająca w latach 1960-2014 poza jego strukturą organizacyjną, została 1 stycznia 2014 r. ponownie włączona do Instytutu. Stacja została przekształcona w Kampus Instytutu Nenckiegohttps://academia.pan.pl/biopixel-laboratorium-przyszlosci-w-sercu-mazur/, obejmujący, m.in., otwarte w 2025 r., Centrum BioPIXEL.