W tej sytuacji Nimitz zlecił swoim własnym sztabowcom opracowanie planu kampanii, przy czym zakładał, że zajęte zostaną trzy atole: Maloelap, Wotje i Kwajalein. Admirał uważał, że na lotniskach tych atoli znajduje się 65% wszystkich japońskich samolotów bojowych i że pozostałe 35% – przede wszystkim na atolach Jaluit i Mille – zostanie zniszczone na ziemi w wyniku dywanowych nalotów własnego lotnictwa.

Niemal natychmiast po przystąpieniu do planowania operacji o nazwie kodowej „Flintlock” dla sztabowców stało się oczywiste, że data 1 stycznia 1944 jest nierealna, w związku z czym Nimitz powiadomił admirała Kinga w Waszyngtonie, że najbliższą możliwą datą rozpoczęcia operacji jest 31 stycznia 1944 roku. Jednocześnie poinformował, że atole Maloelap i Wotje powinny zostać pominięte na rzecz samego Kwajalein.

Spotkało się to ze zdecydowanym sprzeciwem wszystkich dowódców w rejonie środkowego Pacyfiku.