Inna fałszywa teoria popularna niegdyś w środowisku naukowym była taka, że Protokoły zostały napisane przez jakąś uboczną gałąź loży masońskiej (z których wiele posługiwało się wtedy nazwą Syjon), jako rodzaj fantazji na temat kontrolowania biegu rzeczy.
Dowody dyskwalifikują tezę, że dokument został napisany przez Żydów. Przykładem jest na poły mesjanistyczna idea, która pojawia się stale w tekście, ustanowienia „Króla Żydów”. To nigdy nie był żydowski termin i odnosił się wyłącznie do ukrzyżowania Jezusa.
Protokoły mędrców Syjonu a nazizm