Zdjęcia rozpoczęły się w październiku 1982 od sceny przyjazdu profesora Kuppelweisera do jego ośrodka badawczego. Na potrzeby scen podziemnych wykorzystano halę w Łodzi i kopalnię soli w Wieliczce. Operatorem przy Seksmisji został Jerzy Łukaszewicz, a scenografami – Janusz Sosnowski i Wiesława Chojkowska. Kostiumy do filmu opracowała Małgorzata Braszka, a kierownikiem produkcji został Andrzej Sołtysik. Przyszłościową muzykę do Seksmisji opracował Henryk Kuźniak, który współpracował wcześniej z reżyserem przy Vabanku. Za montaż odpowiadała Mirosława Garlicka. Łączny budżet Seksmisji wyniósł 70 milionów złotych, co – jak później komentował Machulski – było „tyle, co pięć Vabanków”.
Większość zdjęć nakręcono do marca 1983, a ekipa filmowa do maja czekała na odpowiednią pogodę, aby nakręcić sceny plenerowe. Machulski wraz z Garlicką już wtedy uzgadniali montaż scen. Wnętrze czapy powstało w Łodzi, a rozcięcie plandeki i wyjście na zewnątrz – w Łebie. Scena z laskiem została nakręcona w Rudzie Pabianickiej. Ostatnia scena – z noworodkami – została nakręcona w maju 1983.