Zanussi improwizował, nakazując obsadzie i ekipie filmowej iść wzdłuż wyznaczonej alejki, a spontaniczny charakter produkcji komentował następująco: „Czułem się jak amator”. Autorem zdjęć do Barw ochronnych był Edward Kłosiński, który uważał się za spadkobiercę takich operatorów jak Jerzy Wójcik i Witold Sobociński. W Barwach ochronnych Kłosiński zmierzał ku możliwie największemu „unaturalnieniu” fotografii, ów efekt osiągając za pomocą naturalnych plenerów, oświetlenia oraz techniki kręcenia ujęć „z ręki”.

Ukończywszy film, Zanussi musiał się ustosunkować do uwag cenzury, która próbowała go zmusić do wycięcia nagrań z Haliną Mikołajską, ówczesną członkinią opozycyjnego Komitetu Obrony Robotników. Minister kultury i sztuki Józef Tejchma wstawił się jednak za Zanussim, dzięki czemu film mógł wejść na ekrany.

Cenzura wprowadziła jednak zapis cenzorski obowiązujący media: „W dniu 27.I.1977 r. odbędzie się premiera filmu K. Zanussiego «Barwy ochronne». Nie należy podawać żadnych informacji o tej imprezie, jak również wzmianek, omówień, reklamy filmu, zarówno przed, jak i po premierze”. Ów zapis ujawnił w tym samym roku Tomasz Strzyżewski w Czarnej księdze cenzury PRL.