27 sierpnia francuska policja wkroczyła na zjazd CNT w Tuluzie i aresztowała 5 hiszpańskich anarchistów: Salvador Gurucharri, José Catalá, Juan Quesada, Josep Morato oraz Esteve Gonzálbo. Aresztowania te odbyły się zaraz po wizycie we Francji szefa hiszpańskiego wywiadu, Eduardo Polo. 11 września 1963 roku funkcjonariusze francuskiej tajnej policji wkroczyli do około 50 mieszkań zajmowanych przez anarchistów na terenie całej Francji, głównie w Paryżu i Tuluzie. Po wstępnych przesłuchaniach, francuska prokuratura wydała decyzję o aresztowaniu 17 osób z oskarżenia o "współpracę z zamachowcami". Większość z aresztowanych anarchistów została wypuszczona z więzienia dopiero 19 lutego 1964 roku pod naciskiem opinii publicznej i po ogłoszeniu strajku głodowego.
Pomimo masowych aresztowań DI wciąż była w stanie przeprowadzić pod koniec września w Madrycie ataki na ambasady Maroka i Niemiec oraz Kościół Loyola.
Wycofanie poparcia CNT dla DI 20 października 1963 roku odbył się w Tuluzie trzeci kongres CNT. Pod wpływem nacisków ze strony francuskiego rządu organizacja wycofała wsparcie finansowe dla DI. Tym samym DI oficjalnie przestało istnieć jako część Hiszpańskiego Ruchu Wolnościowego.