29 czerwca 1946 Rabin został aresztowany i przetrzymywany w brytyjskim więzieniu przez pięć miesięcy. Po uwolnieniu Icchak zamierzał powrócić do swojego pierwotnego planu rozpoczęcia studiów inżynierskich, jednak Jigal Allon przekonał go do pozostania w wojsku. Pod koniec 1946 objął dowództwo 2 Batalionu Palmach. W owym czasie siły Palmach liczyły jedynie cztery bataliony, i 2 Batalion odpowiadał za obszar równiny Szaron i drogę z Tel Awiwu do Jerozolimy. W październiku 1947 został mianowany oficerem operacyjnym Palmach. Gdy pod koniec listopada 1947 wybuchła wojna domowa w Palestynie, Icchak Rabin podczas jazdy motocyklem został raniony w nogę. Pomimo wyzdrowienia, pozostał mu lekki bezwład w zranionej nodze. Pomimo to, objął w kwietniu 1948 dowództwo nad Brygadą Harel. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej Icchak Rabin dowodził brygadą w ciężkich walkach bitwy o Jerozolimę. W trakcie bitwy o Ramat Rachel rozkazał podjęcie szturmu w celu odzyskania utraconego kibucu Ramat Rachel. Był zaangażowany w budowę i obronę Drogi Birmańskiej. W czerwcu 1948 uczestniczył w sporze o statek Altaleny pomiędzy dowództwem Sił Obronnych Izraela o organizacją paramilitarną Irgun. W lipcu był zastępcą dowódcy operacji Danny, podczas której zajęto dwa duże arabskie miasta Lidda i Ramla. Pod rozkazem wydalenia ich mieszkańców podpisał się Rabin.