Ponieważ już wcześniej Domeyko dowiedział się, że dwaj inni emisariusze przeszli, więc uznał swoją misję za skończoną i po kilku dniach wrócił do swego majątku.
Gdy na Litwę wkroczył korpus generała Dezyderego Chłapowskiego, Domeyko dołączył do niego i został adiutantem jednego z pułków. Spotkał się tam z lekarzem Karolem Marcinkowskim i Emilią Plater. Wkrótce jednak po krótkiej i nieudanej kampanii litewskiej rozbite korpusy Chłapowskiego i Antoniego Giełguda przekroczyły granicę Prus Wschodnich. Od tej chwili zaczęło się dla Domeyki życie wygnańca.
Emigracja: Niemcy i Francja Podczas dwumiesięcznej kwarantanny w Ascheken koło Kłajpedy pomagał doktorowi Marcinkowskiemu w leczeniu chorych na cholerę i grzebaniu zmarłych. Próbę ucieczki z Prus brytyjskim żaglowcem pokrzyżowała nagła burza. Po zakończeniu kwarantanny internowanych powstańców rozkwaterowano w różnych miejscowościach. Wiadomość o klęsce powstania zastała Domeykę w Gierdawie, skąd 5 stycznia 1832 wyruszył w dalszą drogę. Emigracyjny szlak Domeyki wiódł przez Frombork, Malbork i Frankfurt nad Odrą, do Drezna. Tam nastąpiło spotkanie z przyjaciółmi – Mickiewiczem i Antonim Edwardem Odyńcem.