Na emigracji Domeyko nie zapominał o swoich zainteresowaniach naukowych. Pojechał do Freibergu, aby zwiedzić tamtejsze kopalnie srebra oraz Akademię Górniczą, słynną ze zbioru minerałów założonego przez Abrahama Wernera. Wraz z Mickiewiczem, Odyńcem i Wincentym Polem wziął także udział w tygodniowej wycieczce na skały Bastei w Saskiej Szwajcarii. Presja wywierana przez konsula rosyjskiego na króla i rząd saski wygnała jednak polskich uchodźców w dalszą drogę. Domeyko i Mickiewicz wyjechali z Drezna w początkach lipca 1832 i przez Norymbergę, Bayreuth i Karlsruhe dotarli do francuskiego Strasburga. Tam grupa, w której był Domeyko otrzymała nakaz udania się do Châlons-sur-Marne. Stamtąd Domeyko, po długim i bezskutecznym oczekiwaniu, wyjechał nielegalnie do Paryża.