Najwyższym organem Akademii jest jej Zgromadzenie Ogólne, które tworzą wszyscy członkowie krajowi (członkowie rzeczywiści i członkowie korespondenci). Zgromadzenie Ogólne wyznacza główne kierunki działań Akademii oraz sprawuje nadzór nad całokształtem jej działalności. Zgromadzenie Ogólne decyduje między innymi o przyjmowaniu nowych członków. Uchwały Zgromadzenia są wiążące dla innych organów Akademii. Sesje Zgromadzenia Ogólnego odbywają się co najmniej dwa razy w roku.
Zgromadzeniu Ogólnemu przewodniczy Prezes Akademii. Jest on wybierany spośród członków Akademii przez Zgromadzenie Ogólne na czteroletnie kadencje (nie więcej niż dwie). Zgromadzenie Ogólne wybiera również wiceprezesów, w liczbie od trzech do pięciu, których kandydatury zgłasza Prezes.
Prezydium Akademii stanowią: Prezes, Wiceprezesi, przedstawiciele Wydziałów, prezesi Oddziałów regionalnych, przewodniczący rad kuratorów działających w ramach Wydziałów, przedstawiciel dyrektorów Jednostek naukowych oraz Kanclerz.mały|Dom Pracy Twórczej PAN w Świnoujściu
Władze PAN Kadencja 2023–2026 Prezes: prof. Marek Konarzewski Wiceprezesi: prof. Dariusz Jemielniak, dr hab. Mirosława Ostrowska, prof. Natalia Sobczak, prof. Aleksander Welfe Kanclerz: Monika Kallista
Skład Prezydium Polskiej Akademii Nauk w kadencji 2019–2022: