Artykułów Organicznych z 6 kwietnia 1802, które dawały Napoleonowi kontrolę nad bullami papieskimi i uchwaleniami soborów i synodów. Rok później podobny konkordat podpisał z Republiką Włoską, ale postępujące zeświecczenie uniemożliwiło podpisania takiego dokumentu z Niemcami. Wbrew swoim doradcom, Pius udał się do Paryża na koronację Napoleona na cesarza 2 grudnia 1804, mając, jak się okazało, złudną nadzieję na złagodzenie Artykułów Organicznych i zwrot posiadłości papieskich. Napoleon zaproponował nawet Piusowi pozostanie na stałe we Francji w Pałacu w Awinionie. Kiedy papież odmówił, cesarz postawił kolejne zaporowe warunki, m.in. zażądał poparcia dla blokady kontynentalnej dla Anglii, jednej trzeciej miejsc w Kolegium Kardynałów dla Francuzów i dymisji dla sekretarza stanu Ercola Consalviego. Papież ugiął się tylko w tej ostatniej kwestii (17 czerwca 1806), jednak w pozostałych pozostał nieugięty, co skutkowało zajęciem przez wojska francuskie reszty Państwa Kościelnego 17 maja i otoczeniem siedziby papieża 6 września 1808. 10 czerwca 1809 papież wydał bullę ekskomunikującą "rabusiów Patrymonium św. Piotra", co doprowadziło do uwięzienia papieża 5 lipca i przewiezienie do go Savony 17 sierpnia.