Napoleon wymusił przeniesienie się kardynałów do Paryża, gdzie 17 czerwca 1811 zebrał się synod, mający udzielić inwestytury kanonicznej nowo mianowanym biskupom francuskim. Obrady synodu jednak nie przebiegały po myśli cesarza, ponieważ postawiono tam wniosek o uwolnienie papieża, który spotkał się z powszechną akceptacją. Wobec tego, Napoleon rozwiązał sobór 11 lipca i zwołał go ponownie 5 sierpnia, jednak w obliczu identycznych okoliczności i jego rozwiązał 11 października, unieważniając także konkordat z 1801. W czerwcu 1812 nakazał przewieźć chorego papieża do Fontainebleau, gdzie 25 stycznia 1813 podpisano nowy konkordat, po powrocie pokonanego cesarza z Rosji. Jednak ustępstwa na jakie poszedł papież, zaczęły wzbudzać niechęć, zwłaszcza wśród kardynałów, co sprokurowało Piusa do odwołania podpisu 24 marca. Kolejne porażki militarne Napoleona, skłoniły go do następnych negocjacji z papieżem, czego owocem było jego odesłanie do Savony w styczniu 1814 i całkowite uwolnienie 10 marca.