Roman Aleksandrowicz Szyszkin (ros. Роман Александрович Шишкин, ur. 27 stycznia 1987 w Woroneżu) – rosyjski piłkarz grający na pozycji środkowego lub bocznego obrońcy albo defensywnego pomocnika.
Kariera klubowa Szyszkin urodził się w mieście Woroneż. Po ukończeniu miejscowej szkoły piłkarskiej, w wieku 15 lat podpisał kontrakt z klubem Fakieł Woroneż. Przez kilka lat występował w rezerwach tego klubu, a w 2004 roku wyjechał z rodzicami do Moskwy. Trafił do Spartaka Moskwa, a do tego klubu ściągnął go włoski trener Nevio Scala. W tamtym roku zadebiutował nawet w Premier Lidze w meczu z FK Rostów (5:2) mając 17 lat, ale na skutek transferów Nemanji Vidicia i Clemente Rodrígueza nie miał szans na grę i został odesłany do rezerw Spartaka. Do pierwszego zespołu Roman wrócił w 2006 roku, a na skutek kontuzji Jegora Titowa wskoczył do pierwszego składu. Po powrocie Titowa do drużyny, Radoslav Kováč został przesunięty do pomocy, Martin Jiránek do środka defensywy, a Szyskin zaczął grać na prawej obronie. Niedługo potem do zespołu przybył Brazylijczyk Géder, ale Szyskin nie stracił miejsca w składzie i do końca roku 2006 był jego zawodnikiem. Wywalczył wicemistrzostwo Rosji, a także zadebiutował w fazie grupowej Ligi Mistrzów.