Przedsiębiorstwo państwowe (1991–1996) W 1991 zakłady w Mińsku Mazowieckim, podobnie jak i inne ZNTK, zostały wyłączone ze struktur PKP i rozpoczęły działalność jako samodzielne przedsiębiorstwo państwowe o nazwie Przedsiębiorstwo Państwowe Zakłady Naprawcze Taboru Kolejowego w Mińsku Mazowieckim. Ze względu na złą kondycję finansową kolei, pozyskiwano coraz mniej zleceń i ograniczano zatrudnienie. Zdołano jednak utrzymać część wykwalifikowanej kadry oraz maszyny i urządzenia.
W I połowie lat 90. ZNTK MM naprawiały głównie EZT serii EN57 (94%), a także EN71 (5%) i wycofywane wówczas z eksploatacji EW55 (1%). Ponadto w latach 1993–1995 zakłady przeprowadziły naprawy rewizyjne połączone z modernizacją autobusów szynowych serii SN81, zaś w 1995 rozpoczęły modernizacje elektrowozów serii EU07 do serii EP07.