PRIDE FC W swoich dwóch pierwszych walkach pokonał przez duszenie trójkątne nogami Gary’ego Goodridge’a i Marka Colemana, dzięki czemu otrzymał szansę walki o nowo ustanowione mistrzostwo organizacji w wadze ciężkiej. Zmierzył się o nie 3 listopada 2001 roku, podczas gali PRIDE 17 w Tokio z Amerykaninem Heathem Herringiem. Nogueira wygrał przez jednogłośną decyzję sędziów, zostając pierwszym mistrzem PRIDE FC w wadze ciężkiej. Przez następne 1,5 roku był niepokonany w 5 walkach, wygrywając przed czasem przez techniki parterowe m.in. z Bobem Sappem, Semmym Schiltem i Danem Hendersonem.

16 marca 2003 roku podczas PRIDE 25 w Jokohamie bronił mistrzostwa przeciwko Fiodorowi Jemieljanience. Nogueira był faworytem, jednak to pretendent wyraźnie przeważał w trakcie całej walki, również w uważanym za domenę Brazylijczyka parterze. Ostatecznie Rosjanin wygrał przez jednogłośną decyzję, zdobywając tytuł.