5 miesięcy po utracie mistrzostwa Nogueira zmierzył się z debiutującym w PRIDE Ricco Rodriguezem (byłym mistrzem UFC). Amerykanin zdołał trzykrotnie obalić Brazylijczyka i przez większą część walki utrzymywał dominującą pozycję w parterze, mimo to sędziowie przyznali jednogłośnie zwycięstwo Nogueirze. Werdykt ten wzbudził znaczne kontrowersje, więc PRIDE FC wydało oficjalne oświadczenie tłumaczące decyzję sędziów. Wyjaśniono w nim, że kryteria punktowania przyjęte przez organizację premiują zawodnika, który dąży do zakończenia walki przed czasem i z racji tego, że Nogueira wykonał wiele prób poddania przeciwnika, to jemu przyznano zwycięstwo.
Z powodu kontuzji Jemieljanienki, która wykluczyła go na dłuższy czas ze startów, władze PRIDE FC postanowiły zorganizować walkę o tymczasowe mistrzostwo w wadze ciężkiej (9 listopada 2003, PRIDE Final Conflict 2003). Zestawiono w niej dwóch głównych pretendentów – Nogueirę i Mirko „Cro Copa” Filipovicia.