dwa w ścianach dwubocznego zamknięcia oraz jedno w ścianie południowej. Następne okno w tej ścianie przebito prawdopodobnie w XVI w., a dwa kolejne okna – w ścianie północnej – pod koniec XVII wieku. Obecnie wszystkie sześć ścian posiada otwory okienne.
W przęśle bliższym nawy, na przeciwległych ścianach, znajdują się dwie półkoliste wnęki, rozczłonkowane trzema ostrołukowymi zawieszonymi arkadami (przeznaczone na siedzenia dla zakonników – sedilia). W drugim przęśle, w ścianie południowej, jest wnęka z profilowanym obramieniem, zasklepionym ostrym łukiem, a naprzeciw - w ścianie północnej – w nowej oprawie z kamienia w gładkim kamiennym obramieniu – nieduży otwór – nisza na tabernakulum.
Pierwotne prezbiterium nie posiadało wyprawy tynkowej, lecz pokryte było polichromią na cieniutkiej pobiale wapiennej, spod której wyraźnie przebija widoczny wątek cegieł, na ogół bardzo regularny, polski. Pod koniec XVII w. i ok. poł. XVIII w. dokonano gruntownej restauracji kościoła, podczas której otynkowano całe wnętrze świątyni, przy czym zatynkowano także polichromię.